Intelligence artificielle : le CLB s'engage pour le futur

regard

Les premiers résultats d’un des projets en intelligence artificielle du Centre Léon Bérard avec la start-up OWKIN ont été publiés dans la prestigieuse revue scientifique internationale Nature.

Intelligence artificielle et mésothéliome : première publication dans Nature

Les premiers résultats publiés il y a quelques semaines dans Nature vont permettre aux médecins d’améliorer les connaissances actuelles sur les mésothéliomes.

« Les performances du modèle imaginé par OWKIN dépassent celles de tous les tests existantsPar ailleurs, cette nouvelle approche nous permet d’identifier de nouvelles caractéristiques biologiques de ces tumeurs très hétérogènes. »

Pr Françoise Galateau-Sallé, anatomopathologiste au Centre Léon Bérard, coordinatrice du Réseau Mésopath et expert scientifique pour ce projet d’IA.

Autrement dit, l’algorithme nous montre des aspects morphologiques que nous voyons et connaissions, mais que nous pensions insuffisamment significatifs comme marqueurs d’intérêt pronostique ou comme biomarqueurs prédictifs de réponse à un traitement. Nous avons appris de cet algorithme qu’il fallait au contraire les interpréter. 

Créé dans le cadre d’un partenariat entre OWKIN, start-up française, et le CLB, le modèle développé se nomme MesoNet. Il associe les images de biopsies pleurales numérisées issues du Réseau Mésopath, le savoir du Pr Françoise Galateau-Sallé et les capacités des réseaux de neurones artificiels. Ce modèle a été entraîné sur 3 000 biopsies de patients afin de prédire leur réponse aux traitements.

Non seulement le modèle a une prédiction légèrement plus fiable que celles des médecins anatomopathologistes mais surtout, il permet d’identifier de nouvelles zones d’analyse pertinentes sur les biopsies qui permettront de mieux diagnostiquer les patients de demain. Ce sont ces premiers résultats qui ont été publiés ce mardi 8 octobre 2019 dans la revue à comité de lecture Nature.

« Dans tous les cas, l’ensemble de ces données est conservé dans un serveur installé au Centre Léon Bérard. Nous avons choisi Owkin, car contrairement à d’autres solutions proposées actuellement, les données resteront au Centre Léon Bérard et l’anonymat des patients est garanti. »

Thierry Durand, directeur de l’informatique du Centre Léon Bérard.

logo de OWKIN

Mésopath est le centre de référence national, mis en place en 1998 par l’Institut national de veille sanitaire (INVS), puis labellisé par l’Institut national du cancer (INCa) en 2009.

 

Référence de la publication dans Nature Medicine :

« Deep learning-based classification of mesothelioma improves prediction of patient outcome » 

Pierre Courtiol, Charles Maussion, Matahi Moarii, Elodie Pronier, Samuel Pilcer, Meriem Sefta, Pierre Manceron, Sylvain Toldo, Mikhail Zaslavskiy, Nolwenn Le Stang, Nicolas Girard, Olivier Elemento, Andrew G. Nicholson, Jean-Yves Blay, Françoise Galateau-Sallé,Gilles Wainrib and Thomas Clozel.

Nature Medicine - NMED-L95980B - 

Plusieurs projets d’IA au CLB

Outre le projet DI-A-GNOSE, avec la start-up OWKIN, pour améliorer encore la classification, le diagnostic et le pronostic des mésothéliomes mais aussi d’autres pathologies, le Centre Léon Bérard est depuis 2017 fortement impliqué dans les programmes d’intelligence artificielle. Notre établissement dispose en effet de bases de données historiques et très structurées sur des cancers rares comme les sarcomes ou les mésothéliomes.

illustration de l'IA au CLB

Les autres projets en cours sont notamment :

  • Le projet Deepsarc (50 000 patients atteints de sarcomes) qui permettra de mesurer l’impact des différents traitements (chimiothérapies, thérapies ciblées, chirurgie...) sur les données de vie réelle des patients. Ce projet a été retenu dans l’appel à projet gouvernemental Health Data Hub
  • Accord de collaboration avec OSE Immunotherapeutics pour identifier des nouvelles cibles en immuno-oncologie
  • Partenariat avec l’Ecole des mines de Saint-Etienne, piloté par le Dr Pierre Heudel, oncologue médical au Centre Léon Bérard pour préciser le choix des traitements complémentaires (chimiothérapie, radiothérapie, hormonothérapie) chez les personnes de plus de 70 ans opérées pour un cancer du sein localisé.
  • Partenariat avec le laboratoire CREATIS pour trouver de nouveaux biomarqueurs en imagerie médicale à l’aide du deep learning
  • Partenariat avec Incepto Medical pour travailler sur la mesure automatique par intelligence artificielle de l’évolution de la taille des tumeurs (critères RECIST)

Mésothéliome : une autre publication dans le journal d’oncologie thoracique

Parallèlement, un autre article, issu de la réunion de concertation multidisciplinaire de l’Association internationale pour l’étude des cancers du poumon (IASLC) qui s’était tenu en juillet 2018 au CLB, est paru début octobre dans le Journal of Thoracic Oncology (JTO).

Cet article permet une actualisation plus multidisciplinaire des standards pour le diagnostic et de suivi des mésothéliomes. Ces dernières années, les récents progrès en biologie moléculaire et immunologie ont en effet radicalement transformé la prise en charge des cancers thoraciques.

Cela n’était pas le cas pour l’un des plus agressifs d’entre eux le mésothéliome. Ce cancer primitif de la plèvre touche chaque année 1 100 personnes en France. L’événement IASCL, soutenu par le réseau européen d’excellence sur les tumeurs solides rares (ERN EURACAN – coordonné par le Pr Jean-Yves Blay) a réuni 60 experts mondiaux invités par le Pr Galateau-Sallé.

Cette réunion a permis de revoir la classification actuelle de cette maladie et de mettre à jour une nouvelle classification histologique et moléculaire des tumeurs thoraciques par l’OMS. Un nouveau consensus pour la prise en charge de cette maladie a été établi et fait l’objet de cette publication. Concrètement, cette avancée permettra de mieux caractériser les mésothéliome (revue des moyens diagnostiques) et de mieux les traiter (revue des nouveaux traitements thérapies ciblées et immunothérapies). Le mésothéliome est une maladie rare et grave puisque la médiane de survie des patients qui en sont atteints est de 14 mois.

Référence de la publication dans Journal of Thoracic Oncology :

« EURACAN/IASLC proposals for updating the histologic classification of pleural mesothelioma: towards a more multidisciplinary approach » -

 Nicholson AG, Sauter JL, Nowak AK, Kindler HL, Gill RR, Remy-Jardin M, Armato III SG, Fernandez-Cuesta L, Bueno R, Alcala N, Foll M, Pass H, Attanoos R, Baas P, Beasley MB, Brcic L, Butnor KJ, Chirieac LR, Churg A, Courtiol P, Dacic S, De Perrot M, Frauenfelder T, Gibbs A, Hirsch FR, Hiroshima K, Husain A, Klebe S, Lantuejoul S, Moreira A, Opitz I, Perol M, Roden A, Roggli V, Scherpereel A, Tirode F, Tazelaar H, Travis WD, Tsao MS, van Schil P, Vignaud JM, Weynand B, Cree I, Rusch VW, Girard N, Galateau-Salle F, EURACAN/IASLC


Journal of Thoracic Oncology (2019)